六扇门和锦衣卫的成立时间不同、工作内容不同、机构也不同。
成立时间不同：
六扇门最初成立于唐朝，是三法司衙门的合称，在明朝万历年间，是设立的一个集武林高手、密探、捕快和杀手于一体的秘密组织。而锦衣卫是在洪武十五年设置的，锦衣卫最初的职能是守卫值宿、侦察、逮捕和典诏狱。
工作内容不同：
唐朝的六扇门主要工作是清除隋末的残余势力。明朝的六扇门是捕快之中一个特殊的旁支，他们进的了衙门，出的了江湖，主要是接江湖上发生的大案、要案，或者缉拿长期被官府通缉的在逃犯人。
锦衣卫的工作内容是搜集军政情报，他们拥有更多的权利，无论是平民百姓还是王公大臣，他们都可以自行逮捕、刑讯、处决，不必经过一般司法机构。
机构不同：
六扇门和锦衣卫是两个不同的机构。六扇门在明清的时候，分别指刑部、大理寺和都察院；而锦衣卫是明朝专有军政搜集情报机构。
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