不能。小产权房不能进行公证，公证的基础是要合法，即使公证也是无效的;所谓小产权是国家不认可的，更不能上市交易的，公证处当然不能做这种公证，即使做了国家也是不认可的。“小产权房”不是法律概念，是人们在社会实践中形成的一种约定俗成的称谓。该类房没有国家发放的土地使用证和预售许可证，购房合同在国土房管局不会给予备案。所谓产权证亦不是真正合法有效的产权证。
国家发产权证的叫“大产权房”，国家不发产权证的叫“小产权房”。大、小产权房的争议不在房屋所有权，而是土地使用权。对小产权的解释主要有3种：
1. 是针对发展商的产权而言，将发展商的产权叫大产权，购房人的产权叫小产权，这种叫法是因为购房人的产权是由发展商一个产权分割来的。
2. 是按房屋再转让时是否需要缴纳土地出让金来区分的，不用再缴土地出让金的叫大产权，要补缴土地出让金的叫小产权。按这种解释普通商品房就是大产权房，经济适用房就是小产权房。
3. 是按产权证的发证机关来区分的，国家发产权证的叫大产权，国家不发产权证的，由乡镇政府发证书的叫小产权，又被称为乡产权，乡产权并不构成真正法律意义上的产权。
前两个解释的小产权是合法的，只要交足购房款，或转让时补缴土地出让金即可自由买卖，其法律规定较为明确。而第三个解释的小产权的法律属性存在较大争议，拿不到真正法律意义上的产权证。
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