1、入学方式不同：同等学力申硕可以免试入学，而非全日制研究生，从2016年改革后，需要参加一月份全国统考。全日制研究生均需参加入学考试，考试时间与非全日制研究生一致。
2、报考人群不同：在职研究生报考人群大多为已经参加工作的职场人士，而全日制研究生大多为应届本科毕业生，另外也包含往届生。
3、学习形式不同：报考在职研究生，可以边学习，边参加工作，采取的是半脱产学习形式，主要有周末班、集中班和网络班。全日制研究生则是全脱产学习，上课时间为正常工作日。
4、学制、学费不同：在学制方面，同等学力申硕学制为2年，非全日制学制为2-3年，全日制学制为3年。在学费方面，同等学力申硕的学费为1.2-8万，非全日制研究生学费为1.8-39万。全日制研究生学费为每年8000左右。
5、获得证书不同：同等学力申硕可获得学位证书，俗称单证，另外还可获得结业证书；而非全日制研究生则可以获得双证，即毕业证书和学位证书。全日制研究生，只要顺利毕业，均可获得双证。
6、报考条件不同：参加同等学力申硕的课程学习，大专及以上学历即可。但是，想要获得学位证书，则需要满足获得学士学位满三年或拥有其他专业硕士学位或博士学位。
含金量不同：全日制的研究生含金量高于在职研究生的含金量，因为两个考试的科目不一样，录取成绩不一样，培养方式不一样。
在职研究生和全日制研究生的考试难度不一样。全日制研究生统一为每年一月份考试。考试难度比较大。
在职研究生和全日制研究生的待遇都是一样的，并没有差异。
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